In het tweede seizoen worden de lichamen van Dexters slachtoffers gevonden en wordt er binnen Dexters eigen afdeling een onderzoek gestart naar de moordenaar, die de bijnaam "Bay Harbor Butcher" heeft gekregen. Debra worstelt met haar herstel en Rita stuurt Dexter naar bijeenkomsten van de Anonieme Narcoticagebruikers omdat ze vermoedt dat hij verslaafd is. Sergeant James Doakes houdt Dexter in de gaten, omdat hij vermoedt dat hij betrokken is bij de moorden van de "Ice Truck Killer".